Afin de donner plus d’autonomie à ce qui n’est alors qu’une direction du ministère de l’Agriculture et pour créer un organisme central de compensation entre les caisses régionales, la loi du 5 août 1920 institue l’Office national du Crédit Agricole. Celui-ci prend en 1926 le nom de Caisse nationale de Crédit Agricole. Cet établissement public est le sommet de la « pyramide » institutionnelle du Crédit Agricole.
La crise des années 30 n’épargne cependant pas les caisses locales et régionales et les plus exposées sont soutenues par la Caisse nationale. Celle-ci renforce ses missions de contrôle et un fonds commun de garantie des dépôts est créé en 1935.
En 1966, la Caisse nationale de crédit agricole obtient son autonomie financière : sa collecte ne passe plus par le Trésor. Durant les années 1970, le Crédit Agricole continue d’élargir son champ de compétence, tant géographiquement que financièrement. C’est également à cette époque que sont créées les premières filiales pour lui permettre de proposer ses services à plus de secteurs (agroalimentaire, PME-PMI…).
La loi de mutualisation de 1988 permet aux caisses régionales de crédit agricole de racheter la Caisse nationale. Transformée en société anonyme, celle-ci est désormais totalement indépendante de l’Etat. Elle est introduite en bourse en 2001 et prend le nom de Crédit Agricole S.A.